Skip to main content

Table 1 Efficiency of knockin vector construction by using a linear DNA cloning system

From: Reliable handling of highly A/T-rich genomic DNA for efficient generation of knockin strains of Dictyostelium discoideum

   Arm length A/T-content   
Gene Vector name 5′ arn 3′ arm 5′ arm 3′ arm Knockin cassette Total Positive clone Efficiency
carA-1
DDB_G0273397
pJ_carA1_GFP 1.0 kb 1.0 kb 72 % 85 % 75 % (4.6 kb) 12/16 75 %
acaA
DDB_G0281545
pJ_acaA_GFP 0.6 kb 0.5 kb 74 % 83 % 72 % (3.7 kb) 8/8 100 %
regA
DDB_G0284331
pJ_regA_GFP_0.3 0.3 kb 1.0 kb 69 % 79 % 73 % (3.8 kb) 8/8 100 %
  pJ_regA_GFP_0.5 0.5 kb 1.0 kb 69 % 79 % 73 % (4.0 kb) 7/8 88 %
  pJ_regA_GFP_1.3 1.3 kb 1.0 kb 76 % 79 % 74 % (4.8 kb) 7/8 88 %
dagA/crac
DDB_G0285161
pJ_crac_GFP_0.3 0.3 kb 0.6 kb 69 % 80 % 72 % (3.7 kb) 8/8 100 %
  pJ_crac_GFP_1.9 1.9 kb 0.6 kb 70 % 80 % 72 % (5.0 kb) 11/16 69 %
erkB
DDB_G0283903
pJ_erkB_GFP_0.5/0.6 0.5 kb 0.6 kb 64 % 66 % 70 % (3.6 kb) 8/8 100 %
  pJ_erkB_GFP_1.0/0.6 1.0 kb 0.6 kb 72 % 66 % 71 % (4.1 kb) 7/8 88 %
  pJ_erkB_GFP_1.0/1.7 1.0 kb 1.7 kb 72 % 77 % 74 % (5.2 kb) 4/8 50 %
  pJ_erkB_GFP_0.5/1.7 0.5 kb 1.7 kb 64 % 77 % 73 % (4.7 kb) 4/8 50 %