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Table 2 Comparison of the results obtained with LRE based log2 ratios to the ΔCq analysis.

From: Evaluation of the impact of single nucleotide polymorphisms and primer mismatches on quantitative PCR

  LRE based analysis ΔCq based analysis
Mismatch Primer Pair Log2 Ratio SD PValue1 ΔCq SD PValue1
Clone GQ00612 _A24 (G-T)
T1-PM -5,4 0,6 3,4E-141 5,9 1,0 4,9E-109
T2-PM -2,3 0,7 1,3E-66 2,9 1,0 1,3E-54
T3-PM 0,3 0,5 1,4E-02 0,0 0,9 2,7E+01
PM-C1 -0,2 0,4 2,1E-03 0,1 0,3 1,4E+01
PM-C2 -7,3 0,6 7,1E-195 6,9 0,4 1,4E-155
T1-C1 -5,8 0,6 7,8E-113 6,0 0,7 4,0E-84
T1-C2 -13,1 0,9 2,4E-156 13,2 0,7 7,1E-130
T2-C1 -2,7 0,6 2,0E-59 3,0 0,5 1,3E-43
T2-C2 -9,4 0,6 2,1E-136 9,6 0,9 4,9E-108
T3-C1 -0,1 0,5 5,5E-01 0,2 0,4 1,0E+01
T3-C2 -7,1 0,5 2,3E-99 7,0 0,6 1,4E-79
Clone GQ0068 _E07 (G-G)
T1-PM -5,6 0,8 6,7E-154 6,0 0,7 1,0E-164
T2-PM -2,3 0,4 3,9E-97 2,8 0,4 4,2E-123
T3-PM 0,2 0,3 2,2E-04 0,0 0,4 2,9E+01
PM-A1 0,0 0,3 1,8E-02 0,2 0,3 2,3E-03
PM-A2 -5,8 0,8 2,3E-173 6,7 0,6 1,1E-211
T1-A1 -5,5 0,6 1,6E-126 6,2 0,7 3,9E-141
T1-A2 -11,1 0,8 1,2E-171 12,5 0,7 8,3E-186
T2-A1 -2,1 0,5 1,4E-59 2,8 0,6 3,6E-85
T2-A2 -7,8 0,6 1,7E-157 9,4 0,5 9,3E-178
T3-A1 0,4 0,4 2,0E-04 0,0 0,3 3,2E+01
T3-A2 -5,3 0,9 1,1E-120 6,6 0,7 1,2E-144
Clone GQ0065_F11 (T-G)
G1-PM -3,5 0,7 1,8E-109 3,5 0,7 3,9E-113
G2-PM -0,6 0,5 6,3E-15 0,4 0,5 2,1E-08
G3-PM 0,1 0,4 8,6E-04 -0,2 0,3 5,7E+00
PM-A1 0,1 0,4 6,4E-04 0,0 0,4 2,9E+01
PM-A2 -5,4 0,7 1,6E-164 6,2 0,6 1,5E-191
G1-A1 -3,3 0,5 4,4E-75 3,5 0,5 1,5E-94
G1-A2 -8,7 0,7 2,7E-152 9,5 0,9 1,2E-157
G2-A1 -0,6 0,5 1,7E-09 0,6 0,5 2,5E-09
G2-A2 -6,3 0,7 2,3E-129 6,7 0,4 4,6E-147
G3-A1 0,0 0,3 6,1E-01 0,1 0,3 1,7E+01
G3-A2 -5,5 0,6 1,6E-117 6,0 0,5 1,3E-138
  1. 1 P values are the result of a two tailed homoscedastic Student T-test comparing log2 ratios or ΔCq obtained with mismatch primers pairs to log2 ratios or ΔCq obtained with perfect match primer pairs (a Bonferroni correction for multiple testing was applied). The values in bold are very highly significant (P < 10-4).