TY - JOUR AU - Service, R. F. PY - 2001 DA - 2001// TI - Structural biology. Robots enter the race to analyze proteins JO - Science VL - 292 UR - https://doi.org/10.1126/science.292.5515.187a DO - 10.1126/science.292.5515.187a ID - Service2001 ER - TY - JOUR AU - Stevens, R. C. AU - Wilson, I. A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Tech. Sight. Industrializing Structural Biology JO - Science VL - 293 UR - https://doi.org/10.1126/science.293.5529.519 DO - 10.1126/science.293.5529.519 ID - Stevens2001 ER - TY - JOUR AU - Thao, S. AU - Zhao, Q. AU - Kimball, T. AU - Steffen, E. AU - Blommel, P. G. AU - Riters, M. AU - Newman, C. S. AU - Fox, B. G. AU - Wrobel, R. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Results from high-throughput DNA cloning of Arabidopsis thaliana target genes using site-specific recombination JO - J Struct Funct Genomics VL - 5 UR - https://doi.org/10.1007/s10969-004-7148-4 DO - 10.1007/s10969-004-7148-4 ID - Thao2004 ER - TY - JOUR AU - Luan, C. H. AU - Qiu, S. AU - Finley, J. B. AU - Carson, M. AU - Gray, R. J. AU - Huang, W. AU - Johnson, D. AU - Tsao, J. AU - Reboul, J. AU - Vaglio, P. AU - Hill, D. E. AU - Vidal, M. AU - Delucas, L. J. AU - Luo, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - High-throughput expression of C. elegans proteins JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.2520504 DO - 10.1101/gr.2520504 ID - Luan2004 ER - TY - JOUR AU - Lamesch, P. AU - Milstein, S. AU - Hao, T. AU - Rosenberg, J. AU - Li, N. AU - Sequerra, R. AU - Bosak, S. AU - Doucette-Stamm, L. AU - Vandenhaute, J. AU - Hill, D. E. AU - Vidal, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - C. elegans ORFeome version 3.1: increasing the coverage of ORFeome resources with improved gene predictions JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.2496804 DO - 10.1101/gr.2496804 ID - Lamesch2004 ER - TY - JOUR AU - Rual, J. F. AU - Hirozane-Kishikawa, T. AU - Hao, T. AU - Bertin, N. AU - Li, S. AU - Dricot, A. AU - Li, N. AU - Rosenberg, J. AU - Lamesch, P. AU - Vidalain, P. O. AU - Clingingsmith, T. R. AU - Hartley, J. L. AU - Esposito, D. AU - Cheo, D. AU - Moore, T. AU - Simmons, B. AU - Sequerra, R. AU - Bosak, S. AU - Doucette-Stamm, L. AU - Le Peuch, C. AU - Vandenhaute, J. AU - Cusick, M. E. AU - Albala, J. S. AU - Hill, D. E. AU - Vidal, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Human ORFeome version 1.1: a platform for reverse proteomics JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.2973604 DO - 10.1101/gr.2973604 ID - Rual2004 ER - TY - JOUR AU - Symersky, J. AU - Zhang, Y. AU - Schormann, N. AU - Li, S. AU - Bunzel, R. AU - Pruett, P. AU - Luan, C. H. AU - Luo, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Structural genomics of Caenorhabditis elegans: structure of the BAG domain JO - Acta Crystallogr D Biol Crystallogr VL - 60 UR - https://doi.org/10.1107/S0907444904017603 DO - 10.1107/S0907444904017603 ID - Symersky2004 ER - TY - JOUR AU - Lu, S. AU - Symersky, J. AU - Li, S. AU - Carson, M. AU - Chen, L. AU - Meehan, E. AU - Luo, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Structural genomics of Caenorhabditis elegans: crystal structure of the tropomodulin C-terminal domain JO - Proteins VL - 56 UR - https://doi.org/10.1002/prot.10597 DO - 10.1002/prot.10597 ID - Lu2004 ER - TY - JOUR AU - Yoon, J. AU - Kang, Y. AU - Kim, K. AU - Park, J. AU - Kim, Y. PY - 2005 DA - 2005// TI - Identification and purification of a soluble region of BubR1: a critical component of the mitotic checkpoint complex JO - Protein Expr Purif VL - 44 UR - https://doi.org/10.1016/j.pep.2005.04.020 DO - 10.1016/j.pep.2005.04.020 ID - Yoon2005 ER - TY - JOUR AU - Finch, D. AU - Webb, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Identification and purification of a soluble region in the breast cancer susceptibility protein BRCA2 JO - Protein Expr Purif VL - 40 UR - https://doi.org/10.1016/j.pep.2004.10.025 DO - 10.1016/j.pep.2004.10.025 ID - Finch2005 ER - TY - STD TI - Invitrogen Corporation: Gateway® Technology: A universal technology to clone DNA sequences for functional analysis and expression in multiple systems. Version E. 22 September 2003 ID - ref11 ER - TY - JOUR AU - Berman, H. M. AU - Westbrook, J. AU - Feng, Z. AU - Gilliland, G. AU - Bhat, T. N. AU - Weissig, H. AU - Shindyalov, I. N. AU - Bourne, P. E. PY - 2000 DA - 2000// TI - The Protein Data Bank JO - Nucleic Acids Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.235 DO - 10.1093/nar/28.1.235 ID - Berman2000 ER - TY - JOUR AU - Gracy, J. AU - Argos, P. PY - 1998 DA - 1998// TI - Argos, Automated protein sequence database classification. II. Delineation of domain boundaries from sequence similarities JO - Bioinformatics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/14.2.174 DO - 10.1093/bioinformatics/14.2.174 ID - Gracy1998 ER - TY - JOUR AU - Wheelan, S. J. AU - Marchler-Bauer, A. AU - Bryant, S. H. PY - 2000 DA - 2000// TI - Domain size distributions can predict domain boundaries JO - Bioinformatics VL - 16 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/16.7.613 DO - 10.1093/bioinformatics/16.7.613 ID - Wheelan2000 ER - TY - JOUR AU - Rigden, D. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - Use of covariance analysis for the prediction of structural domain boundaries from multiple protein sequence alignments JO - Protein Eng Des Sel VL - 15 UR - https://doi.org/10.1093/protein/15.2.65 DO - 10.1093/protein/15.2.65 ID - Rigden2002 ER - TY - JOUR AU - Miyazaki, S. AU - Kuroda, Y. AU - Yokoyama, S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Characterization and prediction of linker sequences of multi-domain proteins by a neural network JO - J Struct Funct Genomics VL - 2 UR - https://doi.org/10.1023/A:1014418700858 DO - 10.1023/A:1014418700858 ID - Miyazaki2002 ER - TY - JOUR AU - Galzitskaya, O. V. AU - Melnik, B. S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Prediction of protein domain boundaries from sequence alone JO - Protein Sci VL - 12 UR - https://doi.org/10.1110/ps.0233103 DO - 10.1110/ps.0233103 ID - Galzitskaya2003 ER - TY - JOUR AU - Bae, K. AU - Mallick, B. K. AU - Elsik, C. G. PY - 2005 DA - 2005// TI - Prediction of protein interdomain linker regions by a hidden Markov model JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti363 DO - 10.1093/bioinformatics/bti363 ID - Bae2005 ER - TY - JOUR AU - Zdobnov, E. M. AU - Apweiler, R. PY - 2001 DA - 2001// TI - InterProScan–an integration platform for the signature-recognition methods in InterPro JO - Bioinformatics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.9.847 DO - 10.1093/bioinformatics/17.9.847 ID - Zdobnov2001 ER - TY - JOUR AU - Apweiler, R. AU - Attwood, T. K. AU - Bairoch, A. AU - Bateman, A. AU - Birney, E. AU - Biswas, M. AU - Bucher, P. AU - Cerutti, L. AU - Corpet, F. AU - Croning, M. D. AU - Durbin, R. AU - Falquet, L. AU - Fleischmann, W. AU - Gouzy, J. AU - Hermjakob, H. AU - Hulo, N. AU - Jonassen, I. AU - Kahn, D. AU - Kanapin, A. AU - Karavidopoulou, Y. AU - Lopez, R. AU - Marx, B. AU - Mulder, N. J. AU - Oinn, T. M. AU - Pagni, M. AU - Servant, F. AU - Sigrist, C. J. AU - Zdobnov, E. M. PY - 2000 DA - 2000// TI - InterPro–an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites JO - Bioinformatics VL - 16 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/16.12.1145 DO - 10.1093/bioinformatics/16.12.1145 ID - Apweiler2000 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Gish, W. AU - Miller, W. AU - Myers, E. W. AU - Lipman, D. J. PY - 1990 DA - 1990// TI - Basic local alignment search tool JO - J Mol Biol VL - 215 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2 DO - 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 ID - Altschul1990 ER - TY - JOUR AU - Nielsen, H. AU - Engelbrecht, J. AU - Brunak, S. AU - von Heijne, G. PY - 1997 DA - 1997// TI - A neural network method for identification of prokaryotic and eukaryotic signal peptides and prediction of their cleavage sites JO - Int J Neural Syst VL - 8 UR - https://doi.org/10.1142/S0129065797000537 DO - 10.1142/S0129065797000537 ID - Nielsen1997 ER - TY - JOUR AU - Nielsen, H. AU - Brunak, S. AU - von Heijne, G. PY - 1999 DA - 1999// TI - Machine learning approaches to the prediction of signal peptides and other protein sorting signals JO - Protein Eng VL - 12 UR - https://doi.org/10.1093/protein/12.1.3 DO - 10.1093/protein/12.1.3 ID - Nielsen1999 ER - TY - JOUR AU - Sonnhammer, E. L. AU - von Heijne, G. AU - Krogh, A. PY - 1998 DA - 1998// TI - A hidden Markov model for predicting transmembrane helices in protein sequences JO - Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol VL - 6 ID - Sonnhammer1998 ER - TY - CHAP AU - Löffert, D. AU - Karger, S. AU - Berkenkopf, M. AU - Seip, N. AU - Kang, J. PY - 1997 DA - 1997// TI - PCR optimization: Primer design BT - Qiagen News ID - Löffert1997 ER - TY - JOUR AU - Dricot, A. AU - Rual, J. F. AU - Lamesch, P. AU - Bertin, N. AU - Dupuy, D. AU - Hao, T. AU - Lambert, C. AU - Hallez, R. AU - Delroisse, J. M. AU - Vandenhaute, J. AU - Lopez-Goni, I. AU - Moriyon, I. AU - Garcia-Lobo, J. M. AU - Sangari, F. J. AU - Macmillan, A. P. AU - Cutler, S. J. AU - Whatmore, A. M. AU - Bozak, S. AU - Sequerra, R. AU - Doucette-Stamm, L. AU - Vidal, M. AU - Hill, D. E. AU - Letesson, J. J. AU - De Bolle, X. PY - 2004 DA - 2004// TI - Generation of the Brucella melitensis ORFeome version 1.1 JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.2456204 DO - 10.1101/gr.2456204 ID - Dricot2004 ER - TY - STD TI - Bateman A, Coin L, Durbin R, Finn RD, Hollich V, Griffiths-Jones S, Khanna A, Marshall M, Moxon S, Sonnhammer EL, Studholme DJ, Yeats C, Eddy SR: The Pfam protein families database. Nucleic Acids Res. 2004, D138-141. 10.1093/nar/gkh121. 32 Database ID - ref27 ER - TY - JOUR AU - Servant, F. AU - Bru, C. AU - Carrere, S. AU - Courcelle, E. AU - Gouzy, J. AU - Peyruc, D. AU - Kahn, D. PY - 2002 DA - 2002// TI - ProDom: automated clustering of homologous domains JO - Brief Bioinform VL - 3 UR - https://doi.org/10.1093/bib/3.3.246 DO - 10.1093/bib/3.3.246 ID - Servant2002 ER - TY - STD TI - Letunic I, Copley RR, Schmidt S, Ciccarelli FD, Doerks T, Schultz J, Ponting CP, Bork P: SMART 4.0: towards genomic data integration. Nucleic Acids Res. 2004, D142-144. 10.1093/nar/gkh088. 32 Database ID - ref29 ER - TY - JOUR AU - Attwood, T. K. AU - Bradley, P. AU - Flower, D. R. AU - Gaulton, A. AU - Maudling, N. AU - Mitchell, A. L. AU - Moulton, G. AU - Nordle, A. AU - Paine, K. AU - Taylor, P. AU - Uddin, A. AU - Zygouri, C. PY - 2003 DA - 2003// TI - PRINTS and its automatic supplement, pre-PRINTS JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg030 DO - 10.1093/nar/gkg030 ID - Attwood2003 ER - TY - JOUR AU - Falquet, L. AU - Pagni, M. AU - Bucher, P. AU - Hulo, N. AU - Sigrist, C. J. AU - Hofmann, K. AU - Bairoch, A. PY - 2002 DA - 2002// TI - The PROSITE database, its status in 2002 JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.1.235 DO - 10.1093/nar/30.1.235 ID - Falquet2002 ER - TY - JOUR AU - Haft, D. H. AU - Selengut, J. D. AU - White, O. PY - 2003 DA - 2003// TI - The TIGRFAMs database of protein families JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg128 DO - 10.1093/nar/gkg128 ID - Haft2003 ER - TY - STD TI - Madera M, Vogel C, Kummerfeld SK, Chothia C, Gough J: The SUPERFAMILY database in 2004: additions and improvements. Nucleic Acids Res. 2004, D235-239. 10.1093/nar/gkh117. 32 Database ID - ref33 ER - TY - JOUR AU - Kagawa, N. AU - Kemmochi, K. AU - Tanaka, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - One-step adapter PCR method for HTP Gateway technology cloning JO - Quest VL - 1 ID - Kagawa2004 ER - TY - JOUR AU - Breslauer, K. J. AU - Frank, R. AU - Blocker, H. AU - Marky, L. A. PY - 1986 DA - 1986// TI - Predicting DNA duplex stability from the base sequence JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 83 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.83.11.3746 DO - 10.1073/pnas.83.11.3746 ID - Breslauer1986 ER - TY - STD TI - InterProScan server. [http://www.ebi.ac.uk/InterProScan/] UR - http://www.ebi.ac.uk/InterProScan/ ID - ref36 ER - TY - STD TI - Domain Linker Finder sever. [http://www.bio.gsc.riken.go.jp/cgi-bin/DLP/dlp2.cgi] UR - http://www.bio.gsc.riken.go.jp/cgi-bin/DLP/dlp2.cgi ID - ref37 ER - TY - STD TI - SignalP 3.0 server. [http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/] UR - http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ ID - ref38 ER - TY - STD TI - TMHMM 2.0 server. [http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/] UR - http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/ ID - ref39 ER - TY - STD TI - NCBI. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov] UR - http://www.ncbi.nlm.nih.gov ID - ref40 ER - TY - STD TI - SGCE server. [http://sgce.cbse.uab.edu] UR - http://sgce.cbse.uab.edu ID - ref41 ER -