TY - JOUR AU - von Ahlfen, S. AU - Missel, A. AU - Bendrat, K. AU - Schlumpberger, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Determinants of RNA quality from FFPE samples JO - PLoS One VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0001261 DO - 10.1371/journal.pone.0001261 ID - von Ahlfen2007 ER - TY - JOUR AU - Masuda, N. AU - Ohnishi, T. AU - Kawamoto, S. AU - Monden, M. AU - Okubo, K. PY - 1999 DA - 1999// TI - Analysis of chemical modification of RNA from formalin-fixed samples and optimization of molecular biology applications for such samples JO - Nucleic Acids Res VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/nar/27.22.4436 DO - 10.1093/nar/27.22.4436 ID - Masuda1999 ER - TY - JOUR AU - Bresters, D. AU - Schipper, M. E. AU - Reesink, H. W. AU - Boeser-Nunnink, B. D. AU - Cuypers, H. T. PY - 1994 DA - 1994// TI - The duration of fixation influences the yield of HCV cDNA-PCR products from formalin-fixed, paraffin-embedded liver tissue JO - J Virol Methods VL - 48 UR - https://doi.org/10.1016/0166-0934(94)90125-2 DO - 10.1016/0166-0934(94)90125-2 ID - Bresters1994 ER - TY - JOUR AU - Macabeo-Ong, M. AU - Ginzinger, D. G. AU - Dekker, N. AU - McMillan, A. AU - Regezi, J. A. AU - Wong, D. T. AU - Jordan, R. C. PY - 2002 DA - 2002// TI - Effect of duration of fixation on quantitative reverse transcription polymerase chain reaction analyses JO - Mod Pathol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1097/01.MP.0000026054.62220.FC DO - 10.1097/01.MP.0000026054.62220.FC ID - Macabeo-Ong2002 ER - TY - JOUR AU - Geiss, G. K. AU - Bumgarner, R. E. AU - Birditt, B. AU - Dahl, T. AU - Dowidar, N. AU - Dunaway, D. L. AU - Fell, H. P. AU - Ferree, S. AU - George, R. D. AU - Grogan, T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Direct multiplexed measurement of gene expression with color-coded probe pairs JO - Nat Biotechnol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1385 DO - 10.1038/nbt1385 ID - Geiss2008 ER - TY - JOUR AU - Reis, P. P. AU - Bharadwaj, R. R. AU - Machado, J. AU - Macmillan, C. AU - Pintilie, M. AU - Sukhai, M. A. AU - Perez-Ordonez, B. AU - Gullane, P. AU - Irish, J. AU - Kamel-Reid, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Claudin 1 overexpression increases invasion and is associated with aggressive histological features in oral squamous cell carcinoma JO - Cancer VL - 113 UR - https://doi.org/10.1002/cncr.23934 DO - 10.1002/cncr.23934 ID - Reis2008 ER - TY - JOUR AU - Cervigne, N. K. AU - Reis, P. P. AU - Machado, J. AU - Sadikovic, B. AU - Bradley, G. AU - Galloni, N. N. AU - Pintilie, M. AU - Jurisica, I. AU - Perez-Ordonez, B. AU - Gilbert, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Identification of a microRNA signature associated with progression of leukoplakia to oral carcinoma JO - Hum Mol Genet VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/ddp446 DO - 10.1093/hmg/ddp446 ID - Cervigne2009 ER - TY - JOUR AU - Dos Reis, P. P. AU - Bharadwaj, R. R. AU - Machado, J. AU - Macmillan, C. AU - Pintilie, M. AU - Sukhai, M. A. AU - Perez-Ordonez, B. AU - Gullane, P. AU - Irish, J. AU - Kamel-Reid, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Claudin 1 overexpression increases invasion and is associated with aggressive histological features in oral squamous cell carcinoma JO - Cancer VL - 113 UR - https://doi.org/10.1002/cncr.23934 DO - 10.1002/cncr.23934 ID - Dos Reis2008 ER - TY - JOUR AU - Reis, P. P. AU - Tomenson, M. AU - Cervigne, N. K. AU - Machado, J. AU - Jurisica, I. AU - Pintilie, M. AU - Sukhai, M. A. AU - Perez-Ordonez, B. AU - Grenman, R. AU - Gilbert, R. W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Programmed cell death 4 loss increases tumor cell invasion and is regulated by miR-21 in oral squamous cell carcinoma JO - Mol Cancer VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1476-4598-9-238 DO - 10.1186/1476-4598-9-238 ID - Reis2010 ER - TY - JOUR AU - Livak, K. J. AU - Schmittgen, T. D. PY - 2001 DA - 2001// TI - Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2(-Delta Delta C(T)) Method JO - Methods VL - 25 UR - https://doi.org/10.1006/meth.2001.1262 DO - 10.1006/meth.2001.1262 ID - Livak2001 ER - TY - JOUR AU - Rodgers, J. L. AU - Nicewander, W. A. PY - 1988 DA - 1988// TI - Thirteen ways to look at the correlation coefficient JO - The American Statistician VL - 42 UR - https://doi.org/10.2307/2685263 DO - 10.2307/2685263 ID - Rodgers1988 ER - TY - CHAP PY - 2008 DA - 2008// BT - R: A Language and Environment for Statistical Computing PB - Vienna CY - Austria ID - ref12 ER - TY - JOUR AU - Sanchez-Navarro, I. AU - Gamez-Pozo, A. AU - Gonzalez-Baron, M. AU - Pinto-Marin, A. AU - Hardisson, D. AU - Lopez, R. AU - Madero, R. AU - Cejas, P. AU - Mendiola, M. AU - Espinosa, E. PY - 2010 DA - 2010// TI - Comparison of gene expression profiling by reverse transcription quantitative PCR between fresh frozen and formalin-fixed, paraffin-embedded breast cancer tissues JO - Biotechniques VL - 48 UR - https://doi.org/10.2144/000113388 DO - 10.2144/000113388 ID - Sanchez-Navarro2010 ER - TY - JOUR AU - Cronin, M. AU - Pho, M. AU - Dutta, D. AU - Stephans, J. C. AU - Shak, S. AU - Kiefer, M. C. AU - Esteban, J. M. AU - Baker, J. B. PY - 2004 DA - 2004// TI - Measurement of gene expression in archival paraffin-embedded tissues: development and performance of a 92-gene reverse transcriptase-polymerase chain reaction assay JO - Am J Pathol VL - 164 UR - https://doi.org/10.1016/S0002-9440(10)63093-3 DO - 10.1016/S0002-9440(10)63093-3 ID - Cronin2004 ER - TY - JOUR AU - Paik, S. AU - Shak, S. AU - Tang, G. AU - Kim, C. AU - Baker, J. AU - Cronin, M. AU - Baehner, F. L. AU - Walker, M. G. AU - Watson, D. AU - Park, T. PY - 2004 DA - 2004// TI - A multigene assay to predict recurrence of tamoxifen-treated, node-negative breast cancer JO - N Engl J Med VL - 351 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa041588 DO - 10.1056/NEJMoa041588 ID - Paik2004 ER - TY - JOUR AU - Antonov, J. AU - Goldstein, D. R. AU - Oberli, A. AU - Baltzer, A. AU - Pirotta, M. AU - Fleischmann, A. AU - Altermatt, H. J. AU - Jaggi, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Reliable gene expression measurements from degraded RNA by quantitative real-time PCR depend on short amplicons and a proper normalization JO - Lab Invest VL - 85 UR - https://doi.org/10.1038/labinvest.3700303 DO - 10.1038/labinvest.3700303 ID - Antonov2005 ER -